原因自然與之前是一樣的，朱勝機并不認同大順政權的合法性，自然也不會把李自成視為敵國皇帝，而只是將大順軍視為匪寇，將李自成視為匪首，那么在論功行賞的時候，自然也就要按照剿匪平叛的標準來了。
除此之外，也可以借此機會來改一改明軍以敵人尸首換取獎勵的陋習，雖然朱勝機沒有親眼所見，但卻是完全能夠想象得出，當時明軍爭奪敵將尸體時候是何其瘋狂。
當然，要改陋習也不是說改就改的，至少不能連個心理準備都不給明軍將士們，就直接硬改，那樣一來就難免令人寒心了，將士們打仗的時候都是拼了命的，論功行賞的時候若是突然變了卦，那問題可就大了。
所以這一次朱勝機在處理此事的時候采用了較為折中的辦法，即論功行賞的時候按照剿匪平叛的標準來算，但凡是參與此次剿滅大順戰斗的將士，朝廷都額外發放一筆錢糧，以出征補助的名義發放！
如此一來，將士們自然也就沒有什么不滿意的了，畢竟賞賜都已經發到了手里，至于朝廷到底是以什么名義發放的，他們就不是那么關心了。
此時，各方捷報都接連傳入了南京，整個南京城里都是一片歡騰，現在就連平頭百姓都已經知道，明軍已經趕在了建奴，收復了京師，剿滅了大順軍，收復了西安，真可謂是雙喜臨門啊！
不過對于大明朝廷而言，現在應該是三喜臨門才對，因為此時鄭芝豹已經抵達了南京，將扶持福王朱由崧的一眾叛逆交付于朝廷。
對于福王一黨的處置，關乎朱勝機皇位的合法性，所以朱勝機還是十分重視的，而錢謙益自然也很清楚此事對于朱勝機而言的重要性，自是上趕著給朱勝機獻計獻策，不肯放過這個表現自己的機會。
因為此事本就是有錢謙益在朝廷和鄭氏之間牽線搭橋，所以錢謙益還是很容易能夠摻和進來的，而且恰巧朱勝機也并不排斥錢謙益摻和此時，畢竟這種事情還真是錢謙益這種人最為擅長的。
錢謙益的主張是，可以嚴懲馬士英、劉孔炤等人，論其謀逆之罪，但對于福王朱由崧則要網開一面，否則就容易落人口實，被世人認為是陛下要殺人滅口，不利于皇權穩固，而且就算是世人不敢質疑陛下得位不正，皇室成員，骨肉相殘，其影響也總歸是不好的！
當然，對福王朱由崧網開一面，也不是說要直接赦免他，人是不能放的，這輩子都不可能再給他自由，而且不僅如此，福王朱由崧還要公開向陛下請罪，以示臣服之意，如此一來便可令天下人心服口服了！
朱勝機感覺錢謙益此番安排確實十分妥當，便準了他的提議，把此事交由他去辦了！
錢謙益頓時喜出望外，當即便去大牢里把福王朱由崧給提了出來，安排他好吃好喝，然后趁機對其循循善誘。
福王朱由崧本就是個紈绔子弟，沒什么城府與腦子，而且此時又早就已經被嚇破了膽，慌了神，自是被錢謙益三言兩語便忽悠得一愣一愣的，將錢謙益視為了自己的救命稻草，一把鼻涕一把淚地對錢謙益躬身行禮：“請先生救我！”
在錢謙益點頭答應之后，他更是對錢謙益感恩戴德，就差給錢謙益跪下了！
得了錢謙益的一番授意，福王朱由崧沒有半點兒猶豫，當即點頭表示自己一定照做，現在的他只想保命，壓根兒就不在乎顏面之類的東西。
于是乎，震驚朝野的事情便在次日早朝的時候發生了，福王朱由崧身穿囚服，戴著鐐銬枷鎖跪到了午門之前，主動向皇上請罪！
當然，雖然是主動請罪，但可不是請的謀反篡逆之罪，而是直接把責任全都推到了馬士英和劉孔炤等一眾擁護他的人頭上，可以說是把自己給摘了個一干二凈。
這番說辭自然都是錢謙益教給他的，錢謙益說了，如此一來，他便成了被馬士英和劉孔炤等人脅迫的無辜之人了，而他明明是無辜的，卻依然前來主動請罪，就更顯得他懂事兒，顯得他對朝廷恭敬臣服了！
朱勝機這邊，自然也不會拆穿朱由崧，而是順勢將其赦免，既然福王朱由崧是被馬士英、劉孔炤等一眾逆黨脅迫，且其誠心悔過，對朝廷忠心無二，朝廷自然也不會難為他！
對于朱勝機而言，真相到底如何并不重要，能達到自己想要的目的才是最重要的，尤其是對于福王朱由崧這樣的小角色，他更不屑與之計較！
此事本就十分勁爆，加之錢謙益又在暗中刻意炒作宣揚，自是瞬間便傳遍了整個南京，并向周邊區域擴散傳遍開來，至此，朱勝機來做這大明皇帝之位，自是實至名歸，再無任何爭議！
畢竟，之前與朱勝機爭皇位的福王朱由崧都親口說了，馬士英和劉孔炤等人擁護他做皇帝是謀反篡逆，朱勝機才是最適合做大明皇帝之人！
此事塵埃落定，朱勝機自是十分滿意的，對錢謙益也好生嘉獎了一番！
當然，這件事能夠辦的這么順利，這么漂亮，還有一個大功臣，那便是鄭氏，不論是鄭森，還是他父親鄭芝龍，都是出了力的，自己也不能無視他們的功勞！
鄭芝龍遠在泉州，對他的賞賜可以回頭再議，但鄭森就在南京，則不宜再對其置之不理了。
于是乎，朱勝機便命錢謙益去召鄭森入宮覲見，他要親自見一見這位未來的民族英雄，也打算由自己來親自成就這位未來的民族英雄！
錢謙益聽聞朱勝機要召見鄭森，自是也感到喜出望外，畢竟鄭森是他的學生，如果鄭森能夠得以重用，自是他樂得看到的結果。
而且鄭森如果能夠入朝為官，除了在官場上能夠成為自己的助臂，在鄭氏那里自己也定然能得到不少的好處，畢竟鄭森能夠平步青云，可全都是仰仗著自己的幫助。